De acuerdo a los criterios de rotación continental, el torneo a celebrarse en 1970 debía ser organizado por un país americano, luego que en 1966 fuese realizado en Inglaterra. Por primera vez, México presentó una candidatura mientras Argentina lo hizo por cuarta vez (previamente había intentado organizar los eventos de 1934, 1942 y 1962). Aún cuando los sudamericanos tenían una trayectoria futbolística mayor que los mexicanos, la infraestructura que heredaría México producto de la celebración de los Juegos Olímpicos durante 1968 y su mayor estabilidad política en ese momento, inclinaron la balanza a su favor. Así, México obtuvo 56 votos contra 32 de los platenses en la elección realizada en Tokio, el 8 de octubre de 1964.

75 equipos se inscribieron para las clasificatorias continentales, pero cinco se retiraron. Descontando los clasificados automáticos (México e Inglaterra, organizador y campeón defensor, respectivamente), 68 equipos participaron, disputando 170 partidos y anotando 542 goles. A diferencia del torneo anterior, los equipos africanos recibieron por primera vez un cupo directo (Egipto había clasificado en 1934 debido al retiro de sus contrincantes), el que fue alcanzado por Marruecos. De igual forma, una plaza fue entregada al ganador de la clasificatoria de Asia y Oceanía, en la que participó de manera extraordinaria Rhodesia, excluida de la CAF. Finalmente, Israel clasificó tras vencer a Australia. En Europa, Checoslovaquia eliminó a en un partido definitorio a Hungría, campeón olímpico, mientras Argentina no se clasificó luego de una importante derrota en La Paz ante Bolivia, mas otra derrota en Lima ante Perú, un pobre triunfo sobre Bolivia por 1:0 y un empate en el último partido contra Perú por dos goles, ambos jugados en Buenos Aires, permitiendo el pase de los peruanos a la fase final. Fue una página más amarga de la historia del fútbol argentino.

Sin embargo, quizás el hecho más recordado de estas clasificatorias fue la llamada Guerra del Fútbol. Honduras y El Salvador llevaban meses de tensión debido a diversas disputas de carácter económico, político y migratorio. Durante la segunda fase de la clasificatoria de la CONCACAF ambos países se debían enfrentar en partidos de ida y vuelta para definir qué equipo pasaba a la tercera fase. En el primer partido disputado en Tegucigalpa el 8 de junio de 1969, el combinado local venció por 1:0, pero en San Salvador, los salvadoreños lograron una victoria por 3:0, provocando el descontrol en la hinchada, el día 15 de junio. Doce hinchas hondureños habrían sido asesinados por la multitud local, mientras en Honduras los inmigrantes salvadoreños son atacados. Las fronteras son cerradas y la tensión llegaría a niveles límites, mientras la asociación de fútbol de Honduras presenta reclamos a la FIFA acusando amenazas de muerte hacia sus jugadores. Un tercer partido disputado en Ciudad de México el día 26, confirmaría la supremacía salvadoreña con una victoria por 3:2, pasando a la fase final ante Haití, donde obtendrían el pase a la fase final de la Copa Mundial. Sin embargo, la tensión entre ambos países crecería con el correr de los días, provocando la invasión del ejército salvadoreño a Honduras el 14 de julio de 1969. Al menos 2.000 personas fallecieron durante el conflicto bélico, que terminó seis días después gracias a la mediación de la Organización de Estados Americanos.